Для того, чтобы проверить и оптимизировать сразу все базы MySQL выполните следующее
mysqlcheck -o --all-databases
В зависимости от конфигурации сервера, скрипт может запросить пароль от mysql, в крайнем случае выполните от рута - должно сработать.
Разумеется, рекомендую запускать это действо на сервере без нагрузки. Также можете поиграться с другими ключами, можно например скопом проверить базы и оптимизировать только те, которые необходимо и т.д.
При переходе на InnoDB с включенной опцией innodb_file_per_table иногда возникает подобная ситуация,- вы уже конвертировали все базы в InnoDB, но например забыли включить опцию innodb_file_per_table или решили что перейти на этот тип хранения таблиц только сейчас.
cat /proc/cpuinfo
Устройства, подключенные к шине PCI:
lspci -v
SATA и SCSI устройства:
cat /proc/scsi/scsi
Устройства, подключенные по шине USB:
lsusb -v | grep iProduct